Інститут ядерних досліджень Національної академії наук України входить до складу Відділення ядерної фізики та енергетики НАН України
На сьогодні у структурі Інституту діє 29 наукових підрозділів, з яких - 26 наукових відділів, одна структурна лабораторія, Центр екологічних проблем атомної енергетики НАН України та Навчальний центр з фізичного захисту, обліку та контролю ядерних матеріалів.
Наукове та науково-організаційне управління Інститутом відповідно до Статуту здійснюється директором академіком НАН України І. М. Вишневським з урахуванням пропозицій вченої ради та дирекції. Робота наукових відділів відповідно Статуту ІЯД координується через секції вченої ради Інституту за науковими напрямами.
В секцію вченої ради з ядерної фізики входять 15 наукових відділів:
- теорії ядра,
- теорії ядерних реакцій,
- ядерної фізики з лабораторією фізико-технічних проблем джерел ядерних випромінювань,
- ядерної спектроскопії,
- структури ядра,
- ядерних реакцій,
- фізики лептонів,
- поляризаційних процесів,
- фізики важких іонів,
- ядерно-атомних процесів,
- ядерної електроніки та засобів автоматизації,
- фізики високих енергій,
- ізохронного циклотрону У-240,
- циклотрону У-120,
- електростатичних прискорювачів,
- лабораторії часового аналізу ядерних процесів.
В секцію вченої ради з атомної енергетики входять 5 наукових підрозділів:
- теорії ядерних реакторів,
- нейтронної фізики,
- проблем дозиметрії ядерних реакторів,
- дослідницького ядерного реактора,
- Навчальний центр з фізичного захисту, обліку та контролю ядерних матеріалів.
В ІЯД також діють управлінські й допоміжні підрозділи, що забезпечують економічну, господарську та наукову-дослідну діяльність Інституту: планово-виробничий відділ, бухгалтерія, експлуатаційно-технічний відділ, автотранспортний підрозділ, науково-технічна бібліотека, науково-технічний архів, відділ радіаційного контролю та техніки безпеки, відділ ліцензування та систем якості. На базі Інституту організовано роботу Центрального відділу радіаційної безпеки НАН України.
В Інституті діють експериментальні ядерно-фізичні установки:
- дослідницький ядерний реактора ВВР-М з „гарячими” камерами,
- ізохронний циклотрон У-240,
- електростатичний прискорювач ЕГП-10К - тандем-генератор,
- циклотрон У-120,
- важкі захисні бокси,
- тритієва лабораторія;
- прискорювач електронів,
- інші установки та комплекси експериментального устаткування для проведення робіт за науковими напрямами Інституту.
В Інституті діє аспірантура, що проводить підготовку за спеціальностями 01.04.16 – фізика атомного ядра, елементарних частинок і високих енергій, 01.04.08 – фізика плазми, 01.04.07 – фізика твердого тіла, 05.14.14 – теплові та ядерні енергоустановки.
При Інституті діє Спеціалізована вчена рада Д 26.167.01 для розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) фізико-математичних та доктора технічних наук за спеціальностями:
- 01.04.16 – фізика ядра, елементарних частинок і високих енергій та
- 05.14.14 – теплові та ядерні енергоустановки.